Le Secrétariat du Fonds a été créé en 1991 dans le cadre du Fonds multilatéral pour aider le Comité exécutif à s'acquitter de ses fonctions. Il est situé au même endroit que le Programme des Nations Unies pour l'Environnement et basé à Montréal, Canada.
Le Secrétariat du Fonds contribue à assurer que les projets et activités du Fonds répondent aux objectifs du Fonds multilatéral et assure la liaison entre le Comité exécutif, les Parties au Protocole de Montréal et les Agents d'exécution. Ses activités comprennent: l'élaboration d'un plan et d'un budget triennaux et un système de décaissement des fonds; la gestion du cycle de planification des activités du Fonds multilatéral; surveiller les dépenses et les activités des agences d'exécution; préparation des documents demandés par le Comité exécutif; examen, évaluation, suivi et évaluation de tous les projets.
