La Secretaría del Fondo se estableció en 1991 en el marco del Fondo Multilateral para ayudar al Comité Ejecutivo en el desempeño de sus funciones. Está ubicado junto al Entorno del Programa Ambiental de las Naciones Unidas y tiene su sede en Montreal, Canadá.

La Secretaría del Fondo ayuda a garantizar que los objetivos del Fondo Multilateral se cumplan en los proyectos y actividades del Fondo y establece un vínculo entre el Comité Ejecutivo, las partes en el Protocolo de Montreal y los organismos de ejecución. Sus actividades incluyen: el desarrollo de un plan y presupuesto de tres años y un sistema para el desembolso de fondos; gestión del ciclo de planificación empresarial del Fondo Multilateral; monitorear los gastos y actividades de las Agencias Implementadoras; preparación de documentos solicitados por el Comité Ejecutivo; revisión, evaluación, monitoreo y evaluación de todos los proyectos.